本来，王明打算让黄得功兼任兵司主管，但考虑到黄得功本人并不识字，难以应对公文诸事，且已担任第三镇镇长之重职，故只得另外考虑其他人选。
最终，王明决定，让最新投靠而来的李过，担任此职。
毕竟，李过对兵事颇为了解，又曾任大顺高官，也识文断字，故由他担任这兵司郎中一职，倒也十分合适。
刑司，为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构。其具体职掌为：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。
这个部门，亦是暂设刑司郎中一名，作为主官，另设员外郎两名，作为副官，另配有主事数名，以及吏员二十余名。
对于这个部门的人选，王明考虑了很久，最终决定，让原后勤司司长彭永春担任此职。
王明认为，彭永春此人，虽然才干一般，但为人诚恳，兢兢业业，对于各类事情皆是明察审慎，在没有更好的人选状态下，此人却是最为合适。
工司，为掌管营造工程事项的机关，掌管各项工程、工匠、屯田、水利等事。也暂设工司郎中一名，作为主官，另设员外郎两名，作为副官，另配有主事数名，以及吏员二十余名。
此部门主管，则由原农政司司长董四民担任，倒也算是人尽其职。